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ChemAzTech. A Chemistry molecule - Web database - software, to manage products and their structures.
Copyright (C) 2009  Remy Dernat.

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" Chemical library " like software, created by Remy Dernat

Montpellier, CNRS, IBMM - UMR5247



*********  ROADMAP  *********

Amelioration continue :
- Securiser les connexions, les inscriptions et les formulaires pour rentrer et modifier les produits stripslashes,magic quotes... Deja ok avec PHPIDS et HTMLPurifier.
- Optimisation du stockage des molecules (uniquement en base sauf les images).
- Eviter au maximum les appels systemes dans les scripts PHP (babel, python, rm, ls...)


*********  CHANGELOG  *********
***** Version courante :
v0.56 :
//Renderer 2D et le choix de l'affichage java pour l'utilisateur sont annules pour cause d'utilisation du SVG (au lieu du PNG).
- Possibilite de generer les images des structures directement depuis les modes recherche et consultation
- Utilisation du SVG en lieu et place du PNG partout ou c'est possible. Les structures sont plus propres.
-> Necessite d'utiliser le plugin SVG Adobe pour les clients sous IE et installation d'imagemagick sur le serveur pour les exports PDF et XLS(X).

v0.55 :
- Recherche de similitude entre structures avec l'implementation des fingerprints
//- Possibilite d'importer des fichiers pdb et de les importer dans la bdd apres conversion en mol. - Annule
- Stockage des associations de champs lors d'import sdf pour conserver l'historique en cas d'imports successifs.

v0.54 :
- gestion fine du stockage, des lieux et des fournisseurs/consommateurs.
- correction d'un bug dans parcours.php en cas de changement d'utilisateur.
- correction d'un bug dans RegDrawStruct.php (fonction calc_inchi).
- Submit automatique pour les pages RegDrawStruct.php et pre_ajout.php

v0.53 :
- Rajout de l'export excel avec PHPExcel.
- Centralisation de la configuration avec activation ou non des plugins (+ chemin d'acces)
- Gestion basique des lieux de stockage
- Export SDF/SMI suite a une recherche si profil admin.
- Rajout d'un export SDF avec les numeros de manip et les structures.
- Rajout du bouton "Check All" dans la recup des resultats de la recherche.
- Reorganisation du panneau d'administration.
- Extraction CSV lors d'une recherche specifique.
- README - Ajout du reglage du seuil de securite de phpids sur la totalite de la page :
20 - tres haute securite
35 - moyennement haut
50 - moyen
75 - moyennement bas (valeur par defaut)
100 - tres bas
250 - tres tres bas (en cas de probleme - equivaut presque a la desactivation de phpids)

v0.52
- Rajout du profil de groupe READ ONLY (lecture seule).
- Detection de java, de javascript.
- Changement de la feuille de style par defaut
- Un peu plus simple a prendre a main (plus d'informations).
- Structures vides ignorees en cas d'export SDF (sauf en cas d'export SDF complet avec toutes les proprietes).
- Correction d'un bug en cas d'ajout de structure lorsqu'il n'y en avait pas.

v0.51:
- correction d'un bug dans affichage.php (data field - rmn)
- plus de traductions.

v0.5 :
- compatibilite mol ctab v3000 voir MyChem conversion CTAB V2000 => V3000
- Amelioration de la recherche par sous-structure (ex : COOH, CH3...) SMILES/SMARTS JCP applet 
- Implementation de PHPIDS + HTMLPURIFIER

v0.48 :
- rajout d'un repertoire core avec modif.php ajout.php choix.php pre_ajout.php...

v0.47 :
- Recherche par sous-structure au moyen du mode dessin : recuperation du dessin en smiles puis recherche par sous-structure.
- Mise a jour des produits (structure) a partir du mode dessin "modifier la structure" (dans affichage.php) update des tables compound et destruction des fichiers precedemment associes (+ regeneration ?).
- Idem ci-dessus pour creer un nouveau produit : "copier et editer cette structure pour creer un nouveau produit"

v0.46 :
- inscription des produits directement a partir du mode dessin

v0.45 :
- Export SDF en fonction de la masse.
- Rajouter une nouvelle feuille de style plus sobre.

v0.44 :
- Traduction en anglais avec un fichier lang.php (define $Welcome...)
- Resize d'images introduit dans dans les fonctions diverses et dans parcours.php
- Arborescence + include (lang, fonctions.inc...) + config (version, config_db, style.css)

v0.43 :
- optimisation de l'affichage 2D en java.
- correction d'un bug dans la suppression de molecule.
- previsualisation des molecules deja affichees quand on consulte la base parcours.php

v0.42 :
- amelioration et correction de bugs pendant l'export PDF
- recherche par sous-structure

v0.41 :
- Extraction SDF par utilisateur ou par lieu
- correction d'un warning lors du rajout et de l'affichage.
- correction d'un bug dans la structure de la table chimiotheque, concernant le champ visibilite.
- Modifier le proprietaire d'un produit.

v0.4
- Export SDF pour la CN.
- Export SDF de toutes les proprietes + structures.
- Modifier un groupe.
- clean.php : supprimer tous les *.mol , *.smi, *.pdf, *.zip, *.mol2 d'un seul coup

v0.39 :
- Verifier les formats des mails lors des inscriptions.
- Import SDF differencie pour importations regulieres.
- optimisation de l'arborescence de fichier et du code.

v0.38 :
- amelioration de la recherche : possible par groupe dont 'Read All'. Coder la recherche fonction de la visibilite produit 'o' et 'u'.
- amelioration consultation : visibilite produit 'o' (other, cf droits unix) pour tout le monde.

v0.37
- Rajout d'un champs numero du lot
- Rajout d'un champs suivi biologique.
- Rajout du champs visibilite.
-> Base modifiee ! Faire un controle de structure.
- La consultation devient fonction de la visibilite du produit et des groupes d'utilisateurs.
- Rajout du champs export pour CN.
- amelioration de l'export PDF avec PDFI (concatenation de tous les fichiers pdf) + image pdf de la structure generee en python sur une page.
- Redimmensionnement automatique des images.

v0.35
- creation et gestion de groupes d'utilisateurs (avec possibilite de creer des groupes en lecture seule.)
- definir le niveau de visibilite par molecule : public, groupe, user.

v0.34
- clean.php : possibilite de supprimer les mol, mol2, smi, cdx et zip
	Pour les png, il faut verifier qu'il ne s'agit pas de la structure. Normalement, le mol est stocke en base a minima.
- corrections de bug : import et traitement sdf (cause date, nom du logiciel, et un tableau).
- amelioration d'affichage pour la consultation.
- amelioration de l'extraction d'image des structures par utilisateur.
- amelioration du systeme de synchronisation.
- fiabilisation du systeme d'import SDF.
	
v0.33
- generation 3D par OpenBabel option "--gen3D" (vraie 3D)
	babel --gen3D -imol monfichier.mol -omol2 monfichier.mol2
	(plus d'informations 3D en mol2)

v0.3 :
- Import de fichiers SDF (permet un import massif depuis une base Isis/Base).
- Reecriture partielle du code pour problemes de lisibilite.

v0.26
- Possibilite de modifier des infos sur "mon compte", comme le mot de passe, le mail...
- Possibilite pour l'utilisateur de supprimer une de ses molecules
- Generation d'images propres pour l'utilisateur.

v0.25 :
- Amelioration recherches combinees
- Par MyChem : Generation des codes InChi et smi
- Export smiles massif
- Possibilite de rendre un utilisateur => administrateur de niveau "2" (et inversement)
- Recherche par numero de manip.
- Export des images des structures dans un fichier zip pour l'utilisateur.

v0.2 :
- Systeme d'authentification
- interface d'administration/ de chimiothecaire (suppression de molecules et nettoyage des fichiers/donnees "mal rajoutes", gestion des utilisateurs). Parcours/extractions exhaustifs de la base.
- Identifiant prerempli en cas d'ajout de produit.
- Interface utilisateur (extraction des donnees personnelles avec image et parcours de la base "utilisateur")
- Export massif des molecules en mol (concatenees).

v0.15 :
- correction d'un bug lors de l'ajout simplifie et de l'affichage des produits.

v0.1 :
- modifications minimes d'affichage
- visualisation 2D par defaut = image
- Modification de plusieurs molecules a la fois en passant par le mode recherche
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